Po zakończeniu walk ze Szwedami, Rakoczym i po wyprawie duńskiej wojewoda ruski znalazł się na ścianie wschodniej. W 1660 r. wspomagał wojska litewskie hetmana Pawła Jana Sapiehy w walce z Moskwą. Razem odnieśli zwycięstwo nad armią Chowańskiego pod Połonką, przy czym wszystkie zapiski z tamtych wydarzeń przypisywały ten sukces bardziej Czarnieckiemu niż Sapieże.

            Od roku 1661 wojewoda ruski coraz aktywniej włączał się w plany dworu królewskiego dotyczące elekcji vivente rege i zniesienia lub ograniczenia liberum veto. Kandydatem na przyszłego króla był Francuz książę d’Enghien,, szybko się jednak okazało, że przeciw temu projektowi istniała silna opozycja., na której czele stanął marszałek wielki koronny i hetman polny Jerzy Sebastian Lubomirski. Już na sejmie 1661 r. okazało się, że stronnictwo francuskie nie przeprowadzi swoich planów na drodze pokojowej, dlatego powstał projekt rozwiązania siłowego, przy pomocy posiłków francuskich i poparciu wiernego królowi wojska pod wodzą Czarnieckiego. Związanie się wojewody ruskiego z obozem profrancuskim miało ogromne znaczenie dla zmiany stosunku do niego szlachty i wojska koronnego. Dotychczas Czarniecki cieszący się ogromnym autorytetem w kołach wojskowych, dla dużej części armii, która skonfederowało się i utworzyła Związek Święcony, stał nieomal zdrajcą i osobą podejrzewaną o przywłaszczanie sobie pieniędzy i łupów wojennych należnych żołnierzom. Lata 1661 – 1662 to okres największej, bardzo ostrej, wręcz zajadłej i mocno przesadzonej wrogości do Czarnieckiego osób związanych z opozycją antydworską, do której zdecydowanie zaliczali się konfederaci wojskowi. Wojewoda ruski próbował tworzyć wrażenie, że nie całe wojsko było przeciwko niemu, między innymi pod jego auspicjami powstał Związek Pobożny zrzeszający żołnierzy z jego dywizji. Szybko okazał się, że był on znacznie słabszy od Związku Święconego, do którego przystępowali, przy ogromnym rozczarowaniu Czarnieckiego, nawet żołnierze bezpośrednio mu podlegli. Niechętna propaganda przypisywała mu srogość wobec podkomendnych, a nawet plany fizycznej likwidacji nieposłusznych oddziałów. Faktycznie dwór królewski widział w Czarnieckim swoje „ zbrojne ramię”, to jednak on sam zdecydowanie przeciwstawiał się rozprawie zbrojnej z przeciwnikami i usilnie namawiał do kompromisu ze Związkiem Święconym. Musimy o tym pamiętać, gdyż ówczesne paszkwile polityczne wręcz zarzucały Czarnieckiemu chęć krwawej rozprawy z konfederatami wojskowymi, co było kłamstwem i niesprawiedliwością wobec jego prawdziwej postawy. Kryzys w armii udało się częściowo zażegnać na mocy traktatu jaworowskiego z konfederatami w lipcu 1663 r., spełniając przede wszystkim ich roszczenia finansowe. Jednak sam Czarniecki bezpowrotnie utracił dużą część autorytetu, jakim cieszył się wśród żołnierzy do wypadków z lat 1661 – 1662.

            W latach 1663 – 1664 wojewoda uczestniczył w swojej ostatniej kampanii wojskowej przeciwko armii moskiewskiej. Dowodzący wyprawą król Jan Kazimierz postawił jej bardzo ambitny cel, bezpośredni atak na samą Moskwę. Nie osiągnęła ona jednak żadnych trwałych rezultatów, marsz na Moskwę pozostał w sferze nierealnych planów, dodatkowo na tyłach armii polsko-litewskiej doszło do kolejnych buntów kozackich. Po powrocie z nieudanej wyprawy moskiewskiej Stefan Czarniecki po raz kolejny stanął do walki z powstańcami na Ukrainie. Pacyfikacja terenów objętych buntem  z lat 1664 – 1665 przypominała tę  sprzed 10 lat, teraz również Czarniecki współdziałał z niepewnym sojusznikiem tatarskim i znowu walki ograniczały się do mordowania ludności sympatyzującej ze zbuntowanymi Kozakami. Ostatnim zbrojnym czynem wojewody ruskiego było zdobycie i zrównanie z ziemią miasta Stawiszcze w początkach 1665 r.. W końcu stycznia tego roku do Czarnieckiego dotarła wiadomość z Warszawy o nadaniu mu buławy polnej koronnej, odebranej Lubomirskiemu po procesie sejmowym. Tak więc u samego schyłku życia doczekał się upragnionego hetmaństwa. Natychmiast opuścił Ukrainę i udał się w kierunku stolicy. Był już wtedy bardzo poważnie chory. W drodze stan jego zdrowia pogorszył się tak bardzo, że trzeba było przerwać podróż. Niedaleko Lwowa w miejscowości Sokołówka 16 lutego 1665 r. hetman polny Stefan Czarniecki zmarł^[1].

oprac.: dr Konrad Krzyżak

^[1] Biogram hetmana Stefana Czarnieckiego został opracowany na podstawie jego biografii autorstwa Adama Kerstena – A. Kersten , Stefan Czarniecki 1599-1665, Lublin 2006.